Ο πρώην Πατριάρχης Ιεροσολύμων αντιμετώπιζε εδώ και χρόνια σοβαρά προβλήματα υγείας και εισήχθη στο νοσοκομείο Ερρίκος Ντυνάν στην Αθήνα.

Γεννημένος Εμανουήλ Σκοπελίτης τον Απρίλιο του 1939, ενθρονίστηκε στις 15 Σεπτεμβρίου 2001 ως 140ος Πατριάρχης της Ιεράς Πόλης Ιεροσολύμων και πάσης Παλαιστίνης, Συρίας, Πέρα από τον Ιορδάνη, Κανά της Γαλιλαίας και Αγίας Σιών.

Έφτασε στην Ιερουσαλήμ το 1953, όπου υπηρέτησε για αρκετά χρόνια ως Έξαρχος του Παναγίου Τάφου στην Αθήνα. Μόλις λίγα χρόνια μετά την ενθρόνισή του, ο Πατριάρχης Ειρηναίος βρισκόταν σε μια σφοδρή διαμάχη.

Κάποια έκταση εκκλησιών στην Παλιά Πόλη της Ιερουσαλήμ έχει πουληθεί σε Ισραηλινούς προγραμματιστές. Δεδομένου ότι οι περισσότεροι Ορθόδοξοι Χριστιανοί στην περιοχή είναι Παλαιστίνιοι και η γη βρισκόταν σε μια περιοχή που κατοικείται κυρίως από Άραβες, με τους Παλαιστίνιους να ελπίζουν ότι θα ήταν μέρος μιας μελλοντικής παλαιστινιακής πρωτεύουσας, η κίνηση εξόργισε πολλά μέλη της εκκλησίας.

Στις 5 Μαΐου 2005, η πλειοψηφία των μελών της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ιερουσαλήμ με δημόσια επιστολή τους ανακοίνωσε ότι διέκοψε τις σχέσεις τους με τον Πατριάρχη Ειρηναίο, τον οποίο θεωρούσαν έκπτωτο. Η Ιερά Σύνοδος της Αδελφότητας του Παναγίου Τάφου έλαβε οριστική απόφαση στις 6 Μαΐου 2005 με πλειοψηφία δύο τρίτων των μελών της. Από αυτή τη στιγμή, η Ειρήνη παύει να είναι πατριάρχης της Ιερουσαλήμ.

Στις 24 Μαΐου 2005 συγκλήθηκε πανορθόδοξη σύνοδος στην Κωνσταντινούπολη, υπό την προεδρία του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α’. Ψήφισε με συντριπτική πλειοψηφία την αναγνώριση της απόφασης της Αδελφότητας του Παναγίου Τάφου και αφαίρεσε το όνομα του Ειρηναίου από τα δίπτυχα. Στις 30 Μαΐου η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας Ιεροσολύμων εξέλεξε ως αναπληρωτή τον Μητροπολίτη Πέτρας Κορνήλιο, εν αναμονή της εκλογής νέου Προκαθήμενου της Εκκλησίας της Ιερουσαλήμ.

Στις 16 Ιουνίου 2005, ο Irineu καθαιρέθηκε και έγινε ένας απλός λαϊκός, γνωστός μόνο ως Monk Irineu. Στις 6 Ιανουαρίου 2011, το Associated Press δημοσίευσε ένα άρθρο στο οποίο ανέφερε ότι ο Ειρηναίος αρνήθηκε να αναγνωρίσει την κατάθεση, ότι εξακολουθούσε να θεωρεί τον εαυτό του νόμιμο πατριάρχη και ότι βρισκόταν σε κατ’ οίκον περιορισμό για χρόνια.